Capitan Harlock è l'unico uomo rimasto ad opporsi alla corrotta Coalizione Gaia e a cercare di impedire l'estensione del suo dominio all'intero mondo intergalattico. Deciso a vendicarsi contro coloro che hanno fatto del male sia a lui che a tutto il genere umano, il misterioso pirata dello spazio erra nell'universo sulla sua astronave da guerra, l'Arcadia, attaccando spavaldamente e saccheggiando le navi nemiche. Il capo della flotta di Gaia, Ezra, cerca un modo per neutralizzare la minaccia e impedire al coraggioso capitano di contrastarlo. Harlock guida la sua leale ciurma in una rischiosissima missione: disfare i "nodi del tempo" e riportare la Terra ad un'epoca in cui era ancora abitata dall'uomo. È l'anno 2977 e 500 miliardi di esseri umani dispersi nell'universo desiderano ardentemente fare ritorno a quel pianeta che ancora sentono come la propria casa. Il ribelle Harlock e la sua truppa fidata sono la sola speranza per il genere umano di poter un giorno raddrizzare tutti i torti subiti dalla Coalizione...
